Fernanda,
Você pode fazer isto pelo monitor fiscal, ao selecionar a nota, botão "Outras funções" -> Rejeitar NF-e. De acordo com o motivo da rejeição e a sua customização, o evento de Desconhecimento da Operação poderá ser enviado ou não. Exemplo, Desacordo Comercial, por padrão, gera o evento 210220.
+info: NF-e Fiscal Workplace - SAP Nota Fiscal Eletrônica (SAP Electronic Invoicing for Brazil) - SAP Library na parte Additional Functions -> Reject NF-e
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JN