Gerardo,
El certificado que comentas lo registraste con el archivo .PFX o con otro diferente?
Además, revisa si el .PFX lo tienes registrado en el mismo usuario Windows que en el que estás corriendo tu aplicación? Es decir, si lo registraste usando el usuario Administrator de Windows, tu aplicación la estás ejecutando también desde el mismo usuario Administrator?
Espero esto te ayude.
Saludos,
JC.